El 18 de setembre del 1714 el General Moragues s'acollí a la capitulació de la fortalesa de Cardona i es va tornar a retirar amb la seva família a les seves possessions de Sort. Al cap de poc fou reclamat pel capità general a Barcelona, on se li... requisà la documentació i se li posà vigilància. Tement un arrest per conspiració, intentà embarcar-se cap a Mallorca, que encara estava lliure de l'ocupació borbònica. Amagat a Montjuïc fou traït quan intentava fugir i pres a Barcelona el 22 de març de 1715. Posteriorment seria jutjat en un procés sumaríssim i torturat i executat el dia 27 del mateix mes de març de 1715.
El general Moragues i els capitans Jaume Roca i Pau Macip van ser executats de manera infamant el 27 de març del 1715. Al general Moragues no se li reconegueren els honors militars, i descalç i amb camisa de penitent, fou arrossegat viu pels carrers de Barcelona per un cavall fins a arribar al patíbul, on fou executat, decapitat i esquarterat, per tal de complir la triple condemna de mort que rebé. El cap del general Moragues, com a escarni, fou posat en una gàbia de ferro que es va penjar al Portal de Mar, amb una inscripció en llatí que deia:

«"Josep Moragues, per haver comès el crim d'una repetida rebel·lió, haver abusat dues vegades de la clemència reial, finalment, la tercera vegada, fou pres i executat per la justícia." »
 
Malgrat les súpliques de la seva vídua, el cap no es va retirar del Portal de Mar fins al cap de dotze anys.

Moragués és un d'aquells patriotes oblidats dels fets del 1714, on tot el mèrit se'l va emportar el llangonissagoitia de Rafel de Casanova. I no té sort el General amb el seu cap: en una  bretolada d'uns aficionats alemanys mentre celebraven la victòria de la seva selecció ahir dimarts a la nit davant el Brasil en les semifinals del Mundial, varen arrencar el seu bust de la pilastre on resideix, i més tard el deixaren abandonat al mig del carrer. El propietari d'un bar, després de tancar-lo, va veure el bust que els aficionats l'havien portat fins a l'establiment i el va guardar al magatzem amb la intenció d'avisar de la troballa aquest matí.